Contexte 

 Affectation : Direction des Maladies Infectieuses (DMI) / Unité Infections respiratoires et vaccination (REV)

La surveillance génomique du SARS-CoV-2 est aujourd’hui l’un des piliers de la lutte contre la pandémie de COVID-19. En France, elle repose sur les activités du consortium EMERGEN qui associe de nombreux partenaires.

Les activités de santé publique du consortium sont conduites sous l’égide de Santé publique France et du CNR, et les activités de recherche sous l’égide de l’ANRS-MIE. Les principes axes de travail de Santé publique France sont ainsi les suivants :

• Surveillance : identifier la part des différents variants circulant sur le territoire (Enquêtes Flash) ;
• Alerte : détecter d’éventuels nouveaux variants par l’analyse régulière des séquences produites et les caractériser en lien avec le CNR ; classer ces différents variants sous forme d’analyses de risque ;
• Investigation : caractériser par des études épidémiologiques ciblées tout nouveau variant, ou intégrer les données génomiques aux investigations de clusters.

Une équipe Variants est constituée au sein de l’unité REV pour développer les activités d’expertise sur cette thématique et appuyer/soutenir celles du réseau de référents régionaux via une animation conjointe avec la Direction des régions. Cette équipe Variants travaille par ailleurs en lien étroit avec l’équipe en charge du pilotage du consortium, rattachée à la direction de la DMI. La personne recrutée intègrera cette équipe Variants.

Missions / Contenu du poste

 Sous la supervision de la chargée de projet scientifique Expertise COVID-19 et Variants, coordonnant l’équipe Variants, et l’autorité de la responsable de l’unité REV, la personne recrutée sur ce poste aura pour activités :

• De contribuer à l’animation du réseau des référents régionaux, en lien avec la DIRe ;
• De contribuer à l’animation du réseau des laboratoires séquenceurs, en lien avec les autres partenaires du consortium et le Ministère en charge de la Santé ;
• De suivre les problématiques régionales et nationales concernant la qualité des données de séquençage produites, notamment en termes de couverture territoriale, représentativité et qualité ;
• De contribuer à la rétro-information vers les régions des indicateurs produits à partir de la base nationale EMERGEN, tant en termes de suivi de ses activités (volumétries, délais, respect des indications de séquençage, qualité des métadonnées) que d’indicateurs épidémiologiques produits ;
• De contribuer aux travaux de l’équipe Variants : en particulier production des analyses de risque variants, analyse des données de surveillance et toute autre activité en lien avec la réponse à la COVID-19 ;
• De contribuer à la veille bibliographique alimentant les travaux précédents ;
• De contribuer à l’expertise sur les variants du SARS-CoV-2, en particulier aux réponses apportées aux questions du ministère ou des référents régionaux

La personne recrutée pourra être impliquée dans toute activité entrant dans les missions de l’Agence et dans le champ de ses compétences si cela s’avère nécessaire, en situation d’urgence, de crise ou de nécessité de service, dans la limite de ses compétences.

Compétences requises / profil attendu

- Formation scientifique Bac + 5 ou Niveau Master 2 en épidémiologie ;

- Expérience professionnelle souhaitée dans une structure d'épidémiologie ou de santé publique ;

Aptitudes et compétences : 

• Maîtrise des méthodes et techniques d’épidémiologie d’intervention ;
• Connaissances en épidémiologie des maladies infectieuses et/ou biologie médicale (virologie) ;
• Capacités en lecture critique et synthèse de la littérature scientifique ;
• Maîtrise des outils d’analyses statistiques (si possible R) ;
• Qualités relationnelles, aptitudes au travail d’équipe et à l’animation de réseaux ;
• Curiosité, rigueur scientifique ;
• Autonomie et esprit d'initiative ;
• Dynamisme, disponibilité ;
• Capacités de communication orale et écrite ;
• Anglais lu, parlé, écrit souhaité

Adresser les candidatures (lettre de motivation + cv) en indiquant la référence de l’annonce par courriel :